As decisões são tomadas pela Assembleia Mundial da Saúde, que se reúne uma vez por ano, por um órgão executivo da assembleia e pelo seu Diretor-Geral, nomeado pela própria assembleia.

Cerca de um quarto do orçamento da OMS vem de contribuições de países e organizações não-governamentais.  O restante são contribuições voluntárias de doadores e dos Estados-membros. O seu orçamento de 2018-2019 foi de 5,6 mil milhões de dólares.

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Os principais contribuintes são os Estados Unidos (15,2%), a Fundação Bill e Melinda Gates (12,2%), a Aliança Global de Vacinação (GAVI), organização com a missão de melhorar o acesso de crianças às vacinas em países pobres (8,2 %), o Reino Unido 7,9 % e a Alemanha (5,3 %).

A OMS teve um papel importante na erradicação e redução da incidência de doenças graves como varíola e malária, além de outras doenças tropicais, e tem lutado com sucesso contra a poliomielite e o VIH/Sida.

No entanto, teve que fazer grandes reformas após ser criticada por subestimar a escala da epidemia do vírus ébola na África Ocidental entre 2013 e 2016.

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